云南医药健康职业学院下设5个系部，目前学校设有口腔医学（临床医学类）、临床医学（临床医学类）、针灸推拿（临床医学类）、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、医学美容技术、护理、中药学和康复治疗技术等17个专科专业。云南经济管理学院医学院下设护理学、中药学、口腔医学技术、医学检验技术等8个本科专业和护理、药学等9个专科专业。云南经济管理学院为云南医药健康职业学院的学生搭建升学平台，云南医药健康职业学院毕业生可通过“3+2专本连读”和“专升本”的方式通过考试升入云南经济管理学院本科专业就读。
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