全基因合成
依照某一蛋白质的氨基酸序列,或基因序列,设计全长引物,利用OVERLAP方法形成模版DNA,再利用PCR扩增的方法得到双链DNA,然后将PCR产物转化克隆至克隆载体或者表达载体中。化学合成全基因目前是准确率最高,速度最快的方法,同时可以依据密码子在不同宿主细胞的偏爱性和不同的实验需求,设计基因序列,提高表达水平。
双荧光素酶报告基因
双荧光素酶报告基因实验(luciferaseAssay)目前由两个主要的应用方向,第一是检测转录因子与目的基因启动子区DNA相互作用,转录因子是一种具有特殊结构、行使调控基因表达功能的蛋白质分子,也称为反式作用因子。某些转录因子仅与其靶启动子中的特异顺序结合,这些特异性的序列被称为顺式因子,转录因子的DNA结合域和顺式因子实现共价结合,从而对基因的表达起抑制或增强的作用。荧光素酶报告基因实验(luciferaseAssay)是检测这类转录因子和其靶启动子中的特异顺序结合的重要手段,第二是研究微小RNA(microRNA)对于靶基因的调控,通过生物信息学方法预测microRNA潜在的靶基因以及干预位点序列,并设计合适的microRNA质粒或干预片段,同时构建靶基因的报告基因质粒,二者同时转染细胞,这是确定microRNA是否能影响(上调或下调)靶基因的首选研究方法。实验原理:1)构建一个将靶启动子的特定片段插入到荧光素酶表达序列前方的报告基因质粒,如pGL3-basic(转录因子与靶基因)或pMIR-REPORTLuciferase质粒(微小RNA与靶基因)2)将要检测的转录因子表达质粒(或microRNA质粒)与报告基因质粒共转染293细胞或目的细胞。如果此转录因子(或microRNA)能够激活靶启动子,则荧光素酶基因就会表达,荧光素酶的表达量与转录因子的作用强度成正比。3)加入特定的荧光素酶底物,荧光素酶与底物反应,产生荧光素,通过检测荧光的强度可以测定荧光素酶的活性,从而判断转录因子是否能与此靶启动子片段有作用。实验步骤:(1)用生物信息学方法分析并预测启动子区可能的转录因子结合位点。(2)设计引物用PCR法从基因组DNA中克隆所需的靶启动子片段,将此片段插入到荧光素酶报告基因质粒中。(3)筛选阳性克隆,测序,扩增克隆并提纯质粒备用。(4)扩增转录因子质粒(或microRNA质粒),提纯备用,同时准备相应的空载质粒对照。(5)培养293细胞(或其它目的细胞),并接种于6孔板中,生长24小时(80%汇合度)。(6)将报告基因质粒与转录因子表达质粒共转染细胞。(7)用适当的方法提取蛋白并用于荧光素酶检测。(8)加入酶作用底物,于荧光计数仪上测定荧光素酶的活性。(9)计算相对荧光强度,并与空载对照比较,判断影响因子是否有效的作用于靶基因。
双分子荧光互补
实验原理:在荧光蛋白(YFP、GFP、Luciferase等)的两个β片层之间的环结构上有许多特异性位点可以插入外源蛋白而不影响荧光蛋白的荧光活性。BiFC技术正是利用荧光蛋白家族的这一特性,将荧光蛋白分割成两个不具有荧光活性的分子片段,再分别与目标蛋白融合表达。如果两个目标蛋白因物理相互作用而靠近,就使得荧光蛋白的两个分子片段在空间上相互靠近,重新形成有活性的荧光基团而发出荧光。实验目的:在烟草植株活体细胞中检测蛋白质-蛋白质相互作用。交付结果:实验流程和共聚焦图片等结题报告(电子版)服务周期30个工作日
Southern
技术简介________________________________________Southernblotting是对基因组DNA特定序列进行检测的常用方法,首先提取基因组并利用限制性内切酶消化DNA,在琼脂糖凝胶进行电泳分离,将DNA变性并在原位将单链DNA片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上,经干烤或者紫外线照射固定,再与相对应结构的标记探针进行杂交,用放射自显影或酶反应显色,从而检测特定DNA分子的含量。技术原理:具有一定同源性的两条核酸单链在一定的条件下,可按碱基互补的原则形成双链,此杂交过程是高度特异的。由于核酸分子的高度特异性及检测方法的灵敏性,综合凝胶电泳和核酸内切限制酶分析的结果,便可绘制出DNA分子的限制图谱。服务内容________________________________________本公司提供的Southernblot服务步骤如下:1.探针的制备PCR获取检测探针,标记地高辛。2.核酸样品的制备动植物组织或细胞抽提出基因组DNA,并使用限制性内切酶将其切断成不同大小的片段。3.琼脂糖凝胶电泳分离酶切DNA样品电泳是将DNA样品按片断长短进行分离,然后进行杂交,这样可确定杂交靶分子的大小。4.转膜与固定将凝胶中变性的单链DNA通过虹吸法转移到相应的固相载体上,使用高温烘烤的方法使DNA片段固定于膜上。5.杂交与显影转印后的滤膜经过预杂交一段时间后,加入标记的探针DNA进行杂交反应。杂交完成后使用酶底物对与标记探针结合的酶联抗体进行显色,烘干拍照。您需要提供以下材料:实验样品:用于抽提核酸和探针制备的材料:动植物组织;探针序列信息;实验数据和参考文献:这将会帮助我们更好地理解您的实验背景,有利于实验的顺利进行。您将获得以下结果:实验结果:酶切检测跑胶图片,southern杂交后的结果图片;实验产物:探针引物及扩增产物、杂交膜。
荧光定量PCR
实时荧光定量PCR技术(Real-timePCR)是在常规PCR技术基础上发展而来的一种核酸定量技术。其基本原理是在常规PCR反应体系中加入荧光基团,通过荧光信号的按比例增加来反应DNA量的增加,从而对PCR产物进行实时监测,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析和检测。相较于常规PCR而言,实时荧光定量PCR技术不仅实现了对DNA/RNA模板的定量分析,而且具有灵敏度和特异性高、能实现多重反应、自动化程度高、无污染、实时和准确等特点。目前实时荧光定量PCR技术正广泛应用于基因表达分析,等位基因分析,CHIP结果分析,转基因生物检测等领域,成为最为重要的核酸扩增和检测手段之一。本公司实时荧光定量PCR中用到的SYBRGreenMix,96孔板,封板膜等均采用原装进口品牌,具有误差小,精度高,重复性强等特点。
染色质免疫共沉淀
实验原理及目的染色质免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用最为主要的方法之一。本实验的原理是在活细胞状态下通过化学交联剂将蛋白质-DNA复合物固定,并将其随机打断成一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学的方法沉淀出目的蛋白质-DNA复合体,从而特异性地富集与目的蛋白相结合的DNA片段。通过对目的DNA片断的纯化与检测,最终获得蛋白质与DNA相互作用的信息。染色质免疫共沉淀技术广泛的应用于表观遗传(组蛋白等)分析,转录因子结合位点分析等蛋白质与DNA结合的试验分析中。随着第二代测序技术的逐步完善和成熟,染色质免疫共沉淀结合第二代高通量测序技术(ChIP-seq)正逐步成为基因调控网络研究中一种非常有效的研究手段。实验步骤A]实验材料的交联处理(室温):B]实验材料的染色质抽提(4度):C]染色质的超声波片段化(4度):D]染色质前处理和免疫共沉淀(4度):孵育抗体和磁珠染色质的预处理免疫沉淀E]洗脱蛋白质-DNA复合物并释放DNA(4度):F]纯化DNA(室温):G]对ChIPDNA进行定量:结果分析:%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%;FoldEnrichment=[%(ChIP/Input)]/[%(Negativecontrol/Input)]服务周期20个工作日材料条件实验材料:ChIP级抗体,5ug/样本;细胞:大于107;动物组织:大于0.1g/样本;植物组织:5g/样本。交付结果实验报告(实验仪器设备、试剂、实验方法、数据分析结果);
载体构建
在获得想要的DNA片段之后,使用合适的载体可以对这些片段进行操作,实现想做的研究。目前,本公司有很多载体供大家进行各类实验,一般情况下,大家只需要选择并找到合适的载体就可以了。少数情况下,可能会涉及到需要对载体进行改造。方法通过酶切将DNA片段连入载体实验原理DNA连接酶可以催化相邻DNA链的5‘磷酸基团与3‘羟基形成磷酸二酯键,从而完成连接。常见的依赖限制性内切酶的连接,是将载体和目标DNA片段(外源片段)进行相同方式的酶,产生可以互补配对的粘性末端,然后进行连接。根据使用的酶数量,可以分成双酶切、单酶切两种类型。单酶切(或者产生两个平末端的双酶切)由于载体产生的粘性末端可以发生自连,需要使用去磷酸化酶处理载体,消除其5‘磷酸基团防止自身连接。而双酶切一般不会产生可以自连的粘性末端,不需考虑这一问题。服务周期10个工作日
亚细胞定位
拟南芥原生质体亚细胞定位一、实验原理:将目标蛋白基因与荧光蛋白的N端或C端融合,通过瞬时转染技术,使得该融合蛋白在受体细胞内表达,目标蛋白会牵引荧光蛋白一起定位到目标细胞器中,通过观察荧光蛋白在细胞内显示的位置,确定目标蛋白的位置,从而确定目标蛋白的亚细胞定位情况。二、实验步骤:1、去内毒素质粒提取2、亚细胞定位实验(一)准备拟南芥幼苗(二)拟南芥原生质体的制备(三)PEG转化(室温操作)三、实验结果:激光共聚焦拍照。烟草亚细胞定位一、实验原理:利用农杆菌将外源基因导入到烟草叶片中进行表达,进行蛋白的亚细胞定位实验。二、实验步骤:1.农杆菌培养2.本生烟草(Nicotianabenthamiana)注射农杆菌菌液3.取样,激光共聚焦拍照。
酵母单杂交文库
Invitrogen核/膜系统一、实验原理:真核生物基因的转录起始需转录因子参与,转录因子通常由DNA结合结构域(DNA—bindingdomain,BD)和转录激活结构域(activationdomain,AD)。用于酵母单杂交系统的酵母GAL4蛋白是一种典型的转录因子,GAL4的DNA结合结构域靠近羧基端,含有几个锌指结构,可激活酵母半乳糖苷酶的上游激活位点(UAS),而转录激活结构域可与RNA聚合酶或转录因子TFIID相互作用,提高RNA聚合酶的活性。在这一过程中,DNA结合结构域和转录激活结构域可完全独立地发挥作用。在GAL4系统中构建与基因的ORFs融合的激活结构域GAL4-AD的特异载体,顺式作用元件与GAL4的DNA结合结构域GAL4-BD融合构建载体,分别转化酵母细胞。在酵母内表达的蛋白若与顺式作用元件发生相互作用时,就会将GAL4-BD和GAL4-AD结合在一起,从而与上游激活序列(upstreamactivatingsequence,UAS)结合,激活相应报告基因的表达,在相应的营养缺陷型培养基上筛选阳性。基因转录实际上是转录调控因子和启动子区各种顺式作用元件相互作用的结果,这种结合犹如蛋白质与蛋白质的互作一样具有特异性,这是研究顺式作用元件即DNA序列与蛋白质互作的基础。二、实验步骤:1.1RNA提取1.2mRNA分离1.3cDNA初级文库的构建1.3.1cDNA第一链的合成1.3.2cDNA第二链的合成1.3.3cDNAadapter的制备1.3.4cDNA与attB1重组接头连接(三份接头各连一份)1.3.5cDNA分级分离1.3.6BP重组1.3.7电转化大肠杆菌DH10B1.3.8文库克隆检测1.3.9文库库容量、重组率、插入片段长度鉴定1.4cDNA次级文库的构建1.4.1初级文库的质粒抽提1.4.2LR重组1.4.3电转化大肠杆菌DH10B1.4.4文库克隆检测1.4.5文库库容量、重组率、插入片段长度鉴定三、实验结果:次级文库库容大于107,重组率大于90%,平均插入片段大于1kb。
酵母双杂交文库
Invitrogen核/膜系统一、实验原理:酵母双杂交系统是在酵母体内通过重建有活性转录因子的结构来鉴定蛋白质之间的相互作用。转录因子可以和DNA上特异的序列结合而启动相应基因的转录。这种DNA结合与转录激活的功能是由转录因子上两个相互独立的结构域即DNA结合结构域(BindingDomain,BD)和转录激活结构域(ActivationDomain,AD)分别来完成的,并且这两个结构域对于基因的转录激活都是必须的。在GAL4系统中利用转录因子GAL4的DNA结合结构域GAL4-BD与激活结构域GAL4-AD的特异载体,分别与基因的ORFs融合,转化酵母细胞。在酵母内表达的蛋白若发生相互作用时,就会将GAL4-BD和GAL4-AD结合在一起,从而与上游激活序列(upstreamactivatingsequence,UAS)结合,激活相应报告基因的表达,在相应的营养缺陷型培养基上筛选阳性。酵母双杂交文库的构建是筛库的前提,可用于目的蛋白的互作蛋白大规模筛选分析蛋白质间的相互作用,是现在分子生物学与生物化学常用的手段。二、实验步骤:1.1RNA提取1.2mRNA分离1.3cDNA初级文库的构建1.3.1cDNA第一链的合成1.3.2cDNA第二链的合成1.3.3cDNAadapter的制备1.3.4cDNA与attB1重组接头连接(三份接头各连一份)1.3.5cDNA分级分离1.3.6BP重组1.3.7电转化大肠杆菌DH10B1.3.8文库克隆检测1.3.9文库库容量、重组率、插入片段长度鉴定1.4cDNA次级文库的构建1.4.1初级文库的质粒抽提1.4.2LR重组1.4.3电转化大肠杆菌DH10B1.4.4文库克隆检测1.4.5文库库容量、重组率、插入片段长度鉴定三、实验结果:次级文库库容大于107,重组率大于90%,平均插入片段大于1kb。