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蔬菜保护地栽培增施有机肥的原因有：(1)在保护地内施肥，常采用有机与无机肥料相结合的形式，将有机肥料作为基肥使用，而无机肥料大多是用做追肥，也可将无机肥料作基肥使用。还有一些精细肥料如饼肥等，也可在蔬菜生长期，在蔬菜根系附近沟施或穴施，然后覆土浇水以适应植株快速生长的需要。
多施有机肥还能提高保护地内二氧化碳浓度，提高光合能力。但无论对有机肥作基肥或作追肥都必须经过充分腐熟后再施用。(2)有机肥料施入土壤以后，经土壤微生物的作用会转化成腐殖质，腐殖质进一步分解，不但可释放出氮（N)、磷（P)、钾(K)、钙（Ca)、镁（Mg)、硫（S)、硼（B)、铁（Fe)、锌(Zn)、铜（Cu)等肥料元素，供作物不断地吸收利用，而且有机质被微生物分解后还能不断地释放出大量的二氧化碳（CO2)和水分。
保护地和大田不一样，释放的二氧化碳不会被风吹走，留在室内成为作物的光合作用原料。因此，在设施内大量增施有机肥料，可有效地解决设施内栽培作物二氧化碳（CO2)气体缺乏的问题，使温室内二氧化碳的含量大大高于露天条件下空气中二氧化碳的含量，能大幅度地提高室内作物的光合生产率和产量。
(3)大量增施有机肥料，可以显著提高土壤有机质含量。有机质在土壤中，经微生物的作用转变成为腐殖质（即胡敏酸、富里酸和胡敏素）。土壤中的腐殖质含量虽少，但对土壤性状和植物的生长状况影响是多方面的：①土壤有机质能够改善土壤的理化性状，促进团粒结构的生成，增加土壤的孔隙度，调节土壤的水气比例，使土壤的三相（固相、液相、气相）比例和理化性状更趋合理。
从而提高土壤的保水、保肥能力，改善土壤的通气性能，促进土壤微生物的活动，并使土性变暖。②腐殖质能不断地分解释放二氧化碳和氮、磷、钾、钙、镁、硫等矿质元素，满足植物光合作用、生长发育对二氧化碳和矿质元素的需求，还能刺激根系的生长发育，促进扎根。
③腐殖质在土壤中呈有机胶体状，带有大量的负电荷，能吸附大量的阳离子，如：NHR+、K+、Ca2+等，提高土壤保肥能力。④腐殖质具有缓冲性，能够调节土壤的酸碱度（pH值）。土壤溶液处于酸性时，溶液中的氢离子（H+)可与土壤腐殖质胶体上所吸附的盐基离子进行交换，从而降低土壤溶液的酸度；当土壤溶液处于碱性时，溶液中的氢氧根离子（OH-)又可与胶体上吸附的氢离子（H+)结合生成水（H2O)，降低土壤溶液的pH值。
因此，在盐碱性土壤中增施有机肥料是改良盐碱地的有效途径之一。有机肥料多种多样，人畜粪便、作物秸杆、杂草树叶、各种饼肥、沼气液渣、酒糟、醋糟等，都是良好的有机肥料。在设施内栽培蔬菜，施用基肥时，每亩土地，可用8〜10m3的畜禽粪+200kg有机生物菌肥或饼肥，结合整地施入土壤内。
也可以结合整地，深翻压施切碎的植物秸杆、树叶等，每亩土地可翻压500kg左右、或鲜草1500kg左右。为防止秸草发酵分解时夺取土壤中的氮元素，使C/N提高，翻压秸草时，每50kg干草中，可掺加1〜1。5kg碳酸氢铵，翻压后，灌透水，地面见干时再整畦。
追肥也应以有机肥料为主，一般在幼果迅速膨大期追施，特别是冬至前半个月左右，气温、地温都将进入*寒冷时期，为提高地温和保障二氧化碳的供应，一定要在操作行中追施有机肥料，可一次性追施腐熟粪干每亩温室2000〜2500kg，或腐熟粪稀每亩2500〜3000kgo追肥必须严格执行开沟、撒粪、浇水、覆土、盖膜同步进行，完成一行，再进行一行。
严防撒粪以后不能及时浇水、覆土、盖膜，造成氨气挥发，危害作物。追肥的整个操作过程要在晴天上午拉幵通风口以后进行，严禁阴天或傍晚时间追肥！以免操作过程中挥发的氨气危害作物，和防止增高温室内的空气湿度，诱发病害。追肥也可以结合浇水进行，每次每沟冲施腐熟畜禽粪5〜7kg、或腐熟饼肥1〜1。
5kg，每20〜30d—次。