（一）法律规定不明确
2016年7月，我国证监会发布了《上市公司股权激励管理办法》，上市公司的股权激励从此实现了有法可依。而非上市公司股权激励没有相关的法律法规可供参照，股权设计收费，其复杂程度相对较高，司法实践中非上市公司的股权激励纠纷也较为常见。更多情况下，非上市公司与激励对象之间无法达成一致意见时只能参照《中华人民共和国劳动法合同法》、《中华人民共和国公司法》来处理。就拿小股东回购股权的情形来说，公司法第七十五条总结归纳了公司僵局、股东困境的几种情形：五年不分红，公司合并、分立、转让主要财产，章程规定营业期限届满或出现其他解散事由而公司却通过修改章程而不解散的。以上总结归纳极为有限，现实中的情况要复杂的多。法律对非上市公司股权激励规制的不完善情况，也从另外一个侧面反映了公司与激励对象之间要更加细致的约定，更体现其意思自治原则。
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（二）激励方式灵活多样
从股权激励的方式来看，不同于上市公司股权激励除了需要遵守严格的程序外，一般是以限制性股票、股票期权等方式来实行的，非上市公司股权激励的方式更加灵活、多样。除股权形式外，股权设计收费，还可以是非股权形式的激励，如虚拟股票、增值权、利润分享计划、长期福利计划等。
但是，在股权形式上，非上市公司常见的激励模式是限制性股权模式，股权设计收费，而上市公司常见的两种股权激励的模式主要是限制性股票和股票期权模式。
（三）激励对象人数限制
从股权激励的对象来看，由于公司法对股东人数的限制，非上市公司股权激励的对象往往局限于公司高级管理人员和核心技术人员，普通员工难于享受到股权激励的好处。据《公司法》相关规定，有限公司的股东不能超过50人，股份有限公司股东不能超过200人。因此，在设计股权激励方案时，需要注意股权激励计划实施后的股东人数不能违反法律的规定。否则就容易和非法发行证券罪擦边。
（四）激励股票的来源不同
从股权激励的股票来源来看，由于《公司法》没有规定有限责任公司可以回购本公司股权用于奖励员工，股票来源主要是股权转让和增资扩股。 非上市股份公司不能公开发行股份，因此，股权激励股票的来源一是公司向股东回购股份后授予激励对象，二是股东转让，三是公司向激励对象增发股份。
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