生鲜食品配送中心与其他商品配送中心类似，一般由信息中心与仓库构成。信息中心起着汇集信息并对配送中心进行管理的作用。仓库根据各部门不同的功能又可分为不同的作业区。而配送运营系统，则相当于这样的系统中的大脑，掌握着系统的运转。
配送运营系统指挥和管理着整个配送中心，它是配送中心的中枢神经。它对外负责收集和汇总各种信息，包括门店的销售、订货信息，以及与部分供应商联网的信息，并根据这些信息作出相应的决策；对内负责协调、组织各种活动，指挥调度各部门的人员，共同完成配送任务。
因类型不同，配送中心的类型也有所不同，其仓库各作业区面积大小也不尽相同，正宗蔬菜生鲜配送价格，对于配送运营系统的使用也有差异。
当处在收货区时，工作人员须完成接收货物的任务和货物入库之前的准备工作，如卸货、检验等工作。因货物在收货区停留的时间不太长，并处于流动状态，因此收货区的面积相对来说都不算太大。
而处在储存区时，一般都建有专用的冷藏库(温度在0℃以上)、冷冻库(温度在—18℃左右)，并配置各种设备，其中包括：各种货架、叉车、起堆机等起重设备。由于货物需要在这个区域内停留一段时间，并要占据一定位置，因此相对而言，储存区所占的面积比较大，它是生鲜食品配送中心的主体部分。有的储存区与收货区联在一起，有的与收货区分开。
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