由于通过下一代测序方法获得了丰富的信息,对分析这些患者数据的需求将继续增加!然而,核酸提取方法到目前为止,还不能提供可靠测序所需的核酸质量!NGS文库的制备依赖于多个酶的步骤,包括逆转录和扩增,这需要具有高完整性和扩增性的核酸。RNAstorm™试剂包提供了一个专门为下游应用程序量身定制的样品处理解决方案,并允许终用户可靠地与具有挑战性但有价值的福尔马林固定样品一起工作!细胞数据科学RNAstorm™FFPE试剂盒——提取FFPE组织RNARNAstorm™的优点:◆减少提取过程中RNA损伤◆除去RNA化学修饰和加合物◆获得更完整的RNA(200nt以上RNA的百分比)◆高产量的可扩增RNA◆RNA测序的佳解决方案CAT5™催化技术:◆自有知识产权的化学催化剂:可消除甲醛的交联和变性◆比使用基于加热方法产量更高◆高质量:RNA片段极少应用领域:RNA测序,PCR,定量PCR,逆转录PCR,生物芯片操作方式手动(50个核酸纯化柱)核酸酶处理已包含样品形式福尔马林固定样品(石蜡嵌入或固定)样品量1-4个切片(每个5-10µm)分离的RNA类型总RNA(包括miRNA)提取时间50分钟操作时间试剂盒成份核酸纯化柱蛋白酶核酸酶核酸酶缓冲液CAT5™试剂裂解缓冲液洗涤缓冲液结合缓冲液脱石蜡试剂关于该工具包活检和手术标本通常通过用甲醛固定来保存!
扩增性是NGS文库制备中输入核酸可靠的定量方法.定量RT-PCR仍然是判断RNA样本整体质量的佳方法,因为它取决于样本的浓度、完整性和扩增性,因此本Note主要依赖于qPCR数据.其他方法也有明显的缺点,特别是对于往往存在于FFPE样本中的降解RNA!具体来说,纳米滴™和Qubit™的测量可能非常不准确.2毛细管电泳是衡量核酸碎片程度的一种有用方法,尽管RIN数量与下游分析的成功没有很好的相关性,质量很大的样本可能有非常相似的RIN数量.
优势celldata
3dv200(RNA片段200bp的百分比)是一种测量方法,特别是当终使用是Illumina平台上的RNA-Seq时!因此,在本注释中使用该度量来估计RNA的完整性从FFPE样本中检测可扩增RNA的恢复情况,RNAStorm™RNAFFPE提取试剂盒在几个FFPE组织样本上进行了测试。为了确保RNA恢复的可重复和定量测量,使用RNAstorm™试剂盒从每个组织块中提取两两FFPE切片流行的商业工具包(包Q)!
storm™工具包RNAstorm™萃取试剂盒包括化学催化剂,包括在烷基化和交联的碱基上。这专有的CAT5™技术被证明可以导致RNA具有更高的质量和产量,更好的完整性,该试剂盒提供了所有必要的试剂来提取总试剂来自FFPE组织样本的RNA遵循用户友好的亲亲可以在1小时内完成准时!在使用切片机进行切片后,该组织首先使用无二甲苯溶液进行脱亲和.然后,用CAT5™试剂处理组织并进行裂解,使用蛋白酶溶液。与旋转柱结合后洗涤后,RNA用DNaseI处理以去除con-污染基因组DNA。
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这表明RNA的完整性、化学修饰和交联的程度对这里测试的样品起着重要作用,通常在FFPE样品的qPCR性能中起重要作用!使用RNAstorm™试剂盒观察到RNA完整性的增加使用毛细管电泳也观察到RNA完整性的增加.样品使用RNA进行处理安捷伦2100生物分析仪上的6000纳米总RNA试剂盒,数据使用安捷伦专家软件进行分析!结论据估计,目前全球生物样本库中存在数亿份患者FFPE样本,每年还会产生数百万份患者FFPE样本!
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虽然甲醛稳定组织储存,但它也与样品中的核酸形成广泛的交联和偶合物.这种修饰强烈地干扰了分子分析方法,必须予以消除。现有的方法主要依赖于热量来去除交联和加合物,这只是部分有效,并导致不稳定核酸的额外碎片化和双链DNA的变性.相比之下,由细胞数据科学公司开发的催化技术,并包含在DNA风暴™中试剂盒大大加速了甲醛损伤的去除,并允许使用更温和的条件,从而显著提高了可放大的DNA的恢复率!这大大地提高了成功恢复适合各种应用的核酸的机会,包括下一代测序和qPCR。