云南医药健康职业学院下设5个系部，目前学校设有口腔医学（临床医学类）、临床医学（临床医学类）、针灸推拿（临床医学类）、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、医学美容技术、护理、中药学和康复治疗技术等17个专科专业！云南经济管理学院医学院下设护理学、中药学、口腔医学技术、医学检验技术等8个本科专业和护理、药学等9个专科专业!云南经济管理学院为云南医药健康职业学院的学生搭建升学平台，云南医药健康职业学院毕业生可通过“3+2专本连读”和“专升本”的方式通过考试升入云南经济管理学院本科专业就读！
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云南医药健康职业学院以人为本，以学生为中心，积极为毕业学生提供就业指导和就业服务，积极开拓就业市场，保障毕业生实现就业!学校提供奖助医保服务，设立“翰文教育助学金”，为品学兼优和家庭经济困难的学生提供资助！学校积极开展社团活动和文化艺术活动，为学生创建浓厚的艺术文化氛围，促进学生多元成长、个性发展，举办各种技能竞赛，提高学生的综合素质和专业技能。学校秉承国际化办学理念，为学生搭建多元化、多渠道的出国学习交流平台!
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学校奉行医教协同、校企合作、产教融合的办学理念！积极开拓校外实习基地并签订校企合作协议.学院拥有昆明市五华区人民医院（非直属附属医院）、云南博亚医院（附属医院）、昆明市第二人民医院、昆医附二院石林天奇医院和安宁鑫湖医院3家教学医院和昆明医科大学第一附属医院、医科大学第二附属医院、医科大学第三附属医院等45家实习医院!实习企业有云南白药集团、修正药业集团、鸿翔一心堂药业等32家，产教融合基地有昆明定美义齿制作有限公司等3家，就业基地有昭通市精神卫生中心、芒市护康医院等4家医院!
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目前已开展出国学历提升项目、出国就业实习项目、出国前语言培训、跨文化适应能力课程教学、短期海外游学、培训等。同时围绕国家“一带一路”倡议及云南面向南亚、东南亚辐射中心的发展定位，积极探索“专业+非通用语”的人才培养模式，为学生提供多样化的就业选择，真正培养“高素质劳动者和技能型人才”.云南医药健康职业学院建有实验实训室71间，拥有专业的基础实验（训）中心、口腔医学实验（训）中心、护理实验（训）中心、药化实验（训）中心等多个实验（训）中心和临床微生物学检验实验室、临床分子生物学检验实验室、药物分析实验室等多个实验室。
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