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　　GC-MS数据采集有机混合物样品用微量注射器由色谱仪进样口注入，经色谱柱分离后进入质谱仪离子原在离子源被电离成离子.离子经质量分析器，检测器之后即成为质谱仪信号并输入计算机.样品由色谱柱不断流入离子源，离子由离子源不断进入分析器并不断得到质谱，只要没定好分析器扫描的质量范围和扫描时间，计算机就可以采集到一个个的质谱.如果没有样品进入离子源，计算机采集到的质谱各离子强度均为0！当有样品过入离子源时，计算机就采集到具有一定离子强度的质谱！

　　其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解释微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用!第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用！质谱仪种类很多，不同类型的质谱仪主要差别在于离子源!离子源的不同决定了对被测样品的不同要求，同时，所得信息也不同.

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　　细菌全基因组检测，是指通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列，并对其进行结构和功能研究的方法!依据研究目标所需精细程度的不同，我们提供了细菌扫描图和完成图两种不同的解决方案。全基因组测序的优略：1，包含微生物的全部遗传信息，相比16S除了分类信息外还有更多的基因信息。2，功能基因研究可以找到特定环境下富集的功能基因!缺点：1，相对靶基因来讲，测序深度低，冗余信息多2，成本高，计算机的要求高，数据分析难度高实验方法：检测平台：二代高通量测序平台，三代高通量测序平台目前的三大数据库：Silva（v119）、RDP、GreenGene.

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　　此种扫描方式是只针对选定的离子进行检测，而其它离子不被记录。它的优点：一是对离子进行选择性检测，只记录具有特征的、感兴趣的离子，不相关的，干扰离子统统被排除；二是选定离子的检测灵敏度大大提高.在正常扫描情况下，假定一秒钟扫描2～500个质量单位!那么，扫过每个质量所花的时间大约是1/500秒，也就是说，在每次扫描中，有1/500秒的时间是在接收某一质量的离子.在选择离子扫描的情况下，假定只检测5个质量的离子，同样，也用一秒，那么，扫过一个质量所花的时间大约是1/5秒！

　　并且计算机可以自动将每个质谱的所有离子强度相加！显示出总离子强度，总离子强度随时间变化的曲线就是总离子色谱图，总离子色谱图的形状和普通的色谱图是相一致的，它可以认为是是用质谱作为检测器得到的色谱图！质谱仪扫描方式有两种：全扫描与选择离子扫描全扫描是对指定质量范围内的离子全部扫描并记录,得到的是正常的质谱图,这种质谱图可以提供未知物的分子量和结构信息！可以进行库检索!质谱仪还有另外一种扫描方式叫选择离子监测（SelectionMoniringSIM）！

　　质谱仪的分辨率同样十分重要，高分辨质谱仪可给出化合物的组成式，对于未知物定性至关重要!因此，在进行质谱分析前，要根据样品状况和分析要求选择合适的质谱仪.目前，有机质谱仪主要有两大类：气相色谱-质谱联用仪与液相色谱-质谱联用仪，现就这两类仪器的分析方法叙述如下：GC-MS分析条件的选择在GC-MS分析中，色谱的分离与质谱数据的采集同时进行，为了使每个组分都得到分离和鉴定，必须设备合适的色谱和质谱分析条件：色谱条件包括色谱柱类型（填充柱或毛细管柱），固定液种类，汽化温度，载气流量，分流比，温升程序等.

　　送样时请尽量使用冰盒（泡沫盒+干冰+冰袋），以保证运输过程中的低温条件（干冰的挥发消耗量约为3公斤/天）。在打包时先放入足量的干冰，之后用冰袋填充泡沫盒中间的空隙，为了保持冰盒中的低温环境，建议采用厚一点的泡沫盒.取样建议：纯菌株，提供平板或者15ml菌液宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和！宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。