设置原则是：一般情况下均使用毛细管柱，极性样品使用极性毛细管柱，非极性样品采用非极性毛细管柱，未知样品可先用中等极性毛细管柱，试用后再调整。当然，如果有文献可以参考，就采用文献所用条件！质谱条件包括：电离电压，电子电流，扫描速度，质量范围，这些都要根据样品情况进行设定！为了保护灯绿和倍增器，在设定质谱条件时，还要设置溶剂去除时间，使溶剂峰通过离子源之后再打开灯绿和倍增器!在所有的条件确定之后，将样品用微量注射器注入进样口，同时，启动色谱与质谱，进行GC-MS分析.
实验室检测主要是通过抽取眼内液进行检测，流程很简单!在做眼内液穿刺前，大夫会先给患者用一些抗生素类眼药水，每半小时滴一次，4~5次之后进行表面局麻!局麻也是通过滴眼药水的方式进行的，每五分钟一次，一般滴三次就够了！医生在显微镜下进行眼球穿刺抽取眼内液，大约0.1毫升即可。抽取后嘱咐患者还要用抗生素眼药水频繁滴眼，每半小时滴一次，一般持续到当天晚上就可以停药了！眼内液的实验室检测，标本，一是眼球的前房水，就是角膜和虹膜之间的液体；第二是抽取玻璃体液!
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其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解释微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系！目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用.质谱仪种类很多，不同类型的质谱仪主要差别在于离子源！离子源的不同决定了对被测样品的不同要求，同时，所得信息也不同！
GC-MS数据采集有机混合物样品用微量注射器由色谱仪进样口注入，经色谱柱分离后进入质谱仪离子原在离子源被电离成离子.离子经质量分析器，检测器之后即成为质谱仪信号并输入计算机！样品由色谱柱不断流入离子源，离子由离子源不断进入分析器并不断得到质谱，只要没定好分析器扫描的质量范围和扫描时间，计算机就可以采集到一个个的质谱!如果没有样品进入离子源，计算机采集到的质谱各离子强度均为0！当有样品过入离子源时，计算机就采集到具有一定离子强度的质谱！
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不同的检测项目准确性稍有不同!通过PCR技术检测病毒，准确性基本上是全部；通过抽取玻璃体液，做眼弓蛔虫病检测，准确率也接近全部；文献报道，通过检测眼内液的白细胞介素10和白细胞介素6的比值，判断是否淋巴瘤的准确性是94%.实验室检测和其他检查手段一样，都是辅助诊断的。建议大夫和患者拿到实验室报告后，结合患者的病情、病史以及其它辅助检查，进行综合的诊断.各项检查都不能保证每次都是全部准确的，技术或机器的问题也可能影响检查结果。
质谱仪的分辨率同样十分重要，高分辨质谱仪可给出化合物的组成式，对于未知物定性至关重要！因此，在进行质谱分析前，要根据样品状况和分析要求选择合适的质谱仪.目前，有机质谱仪主要有两大类：气相色谱-质谱联用仪与液相色谱-质谱联用仪，现就这两类仪器的分析方法叙述如下：GC-MS分析条件的选择在GC-MS分析中，色谱的分离与质谱数据的采集同时进行，为了使每个组分都得到分离和鉴定，必须设备合适的色谱和质谱分析条件：色谱条件包括色谱柱类型（填充柱或毛细管柱），固定液种类，汽化温度，载气流量，分流比，温升程序等.
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