取水稻叶片5g，经液氮研磨后，加入3倍体积蛋白IP缓冲液，在4°C混匀30min.于4°C，12,000g离心30min，将上清转移至一个预冷的新的离心管中。用0.22µm滤膜过滤上清，取过滤的50µl上清作为Input，用于蛋白质X的检测。Anti-FLAGM2AffinityGel预处理!取出50µl预混匀的Anti-FLAGM2AffinityGel转移至一预冷的离心管中！于4°C，4,000rpm离心1min，小心将上清吸取弃之!
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于4°C，12,000rpm离心15s，小心将上清吸取弃之!加入约40µl2倍上样缓冲液，100°C变性5min，稍离心，取适量体积进行Westernblot实验，分别用商品化FLAG标签抗体和蛋白质Y抗体进行检测！通过免疫共沉淀确定结合蛋白1．用磷酸盐缓冲液洗30块10cm培养板上的适宜细胞.刮去每块板上的细胞到1ml冰冷的EBC裂解缓冲液中；2．将每毫升细胞悬液转移到微量离心管中，在微量离心机上4℃离心15；3．收集上清（约30ml）并加入30ug的适当抗体，4℃摇动免疫沉淀物1h；4．加入0。
5ml/5x106个细胞、6cm培养皿、75cm2培养瓶）。用预冷的细胞刮子将细胞从培养皿或培养瓶上刮下，把悬液转到5EP管中，4℃，缓慢晃动15min（EP管插冰上，置水平摇床上）!4℃，14000g离心15min，立即将上清转移到一个新的离心管中!准备ProteinAagarose，用PBS洗两遍珠子，然后用PBS配制成50%浓度，建议减掉枪尖部分，避免在涉及琼脂糖珠的操作中破坏琼脂糖珠.每1ml总蛋白中加入100ulProteinA琼脂糖珠（50%），4℃摇晃10min（EP管插冰上，置水平摇床上），以去除非特异性杂蛋白，降低背景!
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9ml的蛋白质A-Sepharose悬液，4℃摇动免疫沉淀物30min；5．用含900mmol/LNaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重复洗5次。用NETN洗一次；6．吸出混合物的液体部分.加入800ul的1xSDS胶加样缓冲液到球珠中，煮沸4min；7．将样品加入到大孔的不连续SDS-PAGE梯度胶中，在10mA的恒定电流下电泳过夜；8．通过考马斯亮蓝染色观察蛋白质泳带；9．从胶上切下目标带，将其放到微量离心管中，用1ml50%乙腈洗两次，每次3min；10．用胰蛋白酶消化胶中的蛋白质，再将肽电洗脱；11．通过窄孔高效液相色谱分离肽！
加入20倍体积预冷的TBS缓冲液以平衡Gel，于4°C，4,000rpm离心1min，小心将上清吸取弃之；重复3次！于4°C，12,000rpm离心15s，小心将上清吸取弃之！取蛋白质加入到已平衡化的Anti-FLAGM2AffinityGel中，于4°C孵育.洗脱Gel.于4°C，4,000rpm离心1min，小心将上清吸取弃之。加入1,500µl预冷的IP缓冲液洗脱Gel，于4°C孵育5min，4,000rpm离心1min，小心将上清吸取弃之；如此重复3次。
实验目的：确定两种目标蛋白质是否在活体细胞体内相互作用，也可用于确定一种特定蛋白质的新的相互作用搭档。操作步骤：适用范围依据抗体类型（蛋白质X自身特异性抗体、蛋白质X融合商品化标签抗体）。本方法试例举：蛋白质X融合FLAG标签，将该载体转基因转入水稻获得稳定转基因植株，然后用FLAG标签抗体利用Co-IP方法沉淀与蛋白质X互作的蛋白质复合物，用Westernblot方法检测蛋白质Y是否一起被沉淀下来，以确定在水稻体内蛋白质X和蛋白质Y是否真正相互作用!
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